Tras el éxito del movimiento se organizaron cuerpos armados en su defensa al mando de Juan Antonio Álvarez de Arenales. El I regimiento de infantería fue puesto al mando de Joaquín Lemoine mientras que el III regimiento de Plateros al de Juan Manuel, su hermano. Con el objetivo disimulado de fomentar la independencia y el formal de de transmitir sus leales intenciones para con Fernando VII y llevar a cabo tareas encomendadas por la Audiencia se enviaron emisarios a distintas ciudades, entre los que se contaba Joaquín Lemoine quien con Eustaquio Moldes partió a Santa Cruz de la Sierra.

Vencida la revuelta, el 10 de febrero de 1810 el mariscal Vicente Nieto mandó prender y poner incomunicados a todos los oidores de la Real Audiencia de Charcas, a Joaquín Lemoine, Juan Antonio Fernandez, Juan Antonio Álvarez de Arenales,2 Domingo Aníbarro, Angel Gutierrez, Dr.Angel Mariano Toro, Manuel de Zudáñez (quien murió en prisión) y su hermano Jaime de Zudáñez, Antonio Amaya, Dr.Bernardo Monteagudo, a los franceses Marcos Miranda y José Sivilat y a otros más que pudieron evadirse.3

El mariscal Vicente Nieto lo confinó en Salta junto a su hermano, su hijo Fortunato y Bernardo Monteagudo.

María Teresa Bustos y Salamanca, su  esposa con quien  se había casado en 1805, tuvo también una participación activa en el movimiento, vendiendo incluso todas sus joyas para comprar pólvora y armas. Al descubrir Nieto la actuación de Teresa Bustos, confiscó sus bienes y la desterró a Lagunilla en compañía de sus otros cinco hijos aún pequeños y allí fue enviada a prisión.

Fue liberada tras los triunfos del Ejército del Norte y se incorporó de lleno a la revolución. Derrotadas las fuerzas patriotas en Vilcapugio y Ayohuma, Teresa Bustos mantuvo el contacto entre los patriotas a través de un sirviente mudo al que cosía los informes en los forros de la ropa. Fue nuevamente encarcelada, condenada a muerte y forzada a presenciar la ejecución de sus compañeros. Se dilató la ejecución de su sentencia y cuando finalmente le fue conmutada ya había perdido la razón, muriendo al poco tiempo, en 1818.

José Joaquín y  su hermano Juan Manuel, ganaron la torre de San Francisco y echaron al vuelo las campanas la noche del 25 de Mayo, convocando al pueblo contra el Presidente de la Audiencia, cuya custodia se le encomendó.

Fue designado jefe de las milicias cívicas, el capitán Joaquín Lemoine de brillante actuación revolucionaria. También hicieron el recuento de las víctimas de la Revolución. En el hospital de la Misericordia contabilizaron 15 muertos y mayor número de heridos. El historiador norteamericano Charles Arnade, proporciona una lista de los emisarios a las diferentes ciudades, Lemoine fue enviado a la vasta provincia de Santa Cruz; cuando dimitió su cargo,  fue apresado.

Pocos meses después, sometida Chuquisaca a la autoridad del Mariscal Nieto, Lemoine, como muchos otros patriotas, emigró a Buenos Aires. Allí se alistó en la primera compañía de los Granaderos Patricios y marchó para liberar el Alto Perú con el primer ejército auxiliar argentino.

Participó, en la desastrosa batalla de Guaqui y en la consiguiente retirada del ejército patriota hasta la Argentina. Formó también en el segundo ejército comandado por Belgrano y actuó en las batallas victoriosas de Tucumán y Salta.